מוצא הפומרניאן הוא מכלבי מזחלות מאיסלנד ולפלנד וגם מכלבים מרוסיה וסיביר, והוא הקטן שבמשפחת כלבי השפיץ הגרמני, שהגדול שביניהם הוא הקייסהונד. הזנב שלו נישא מגולגל מעל הגב, בדומה לכלבי שפיץ אחרים כמו מלמוט וסמוייד. שמו של הגזע בא מאזור ששייך לגרמניה ופולין, שנקרא בזמנו פומרניה וכאשר פיתחו את הגזע הוא היה גדול יותר מהמקובל היום, את זאת אפשר לראות מציורים מהמאה ה-17 וה-18.
השפיץ הגרמני הוא אחד הכלבים שהיו קיימים בתקופת האבן והוא בעצם הגזע העתיק ביותר במרכז אירופה וגזעים רבים פותחו ממנו.
בסוף המאה ה-19, היו בבעלות מלכת אנגליה ויקטוריה כלבי הפומרניאן והיא אישרה להציג אותם בתערוכות. כתוצאה מכך גברה הפופולריות של הגזע ויתכן שבתקופה ההיא החלו להקטין את גודלו.
מועדון הגזע הראשון באנגליה נוסד בשנת 1891 ושם גם נכתב תקן הגזע. הפופולריות של הגזע המשיכה לנסוק והם היו אהובים על הגברות האצילות באותה תקופה. שני פומרניאנים היו בין שלושת הכלבים ששרדו את טביעת ה"טיטניק" בשנת 1912, הודות לגברות שהצילו אותם כשירדו מהספינה.