תוחלת החיים של הפומרניאן ארוכה למדי ויכולה להגיע ל-14 שנים. מגדל אחראי משתדל לגדל את הכלבים שלו תוך הקפדה על בריאות והימנעות ממחלות תורשתיות. אבל, ישנן בגזע בעיות בריאות תורשתיות שצריך להיות מודעים אליהן:

* פטלה לוקסציה 

* פונטנלה 

* Collapsing trachea

* PRA

* Black Skin Disease

פטלה לוקסציה היא יציאה מהמקום של פיקת הברך. הדבר גורם לכלב סבל אבל ניתן לתקן באמצעות ניתוח. 

פונטנלה הוא החיבור של חלקי הגולגולת אצל הגור והכוונה היא שהם לא נסגרו ולא התאחו. בדרך כלל מתאחים בגיל שבין חודשיים לשישה חודשים. בעייה שגורמת למוח להיחשף לפציעה אם העצמות לא נסגרות היטב בהמשך. לפעמים זה מוביל לבעיות חמורות יותר כגון מים במוח.

מחלה כרונית, הולכת ומחמירה ובלתי הפיכה הנוצרת מהתמוטטות קנה הנשימה, הטרכיאה, ודרכי הנשימה התחתונות. קנה הנשימה הוא צינור גמיש ובדומה לצינור של שואב אבק הוא בעל טבעות קטנות לאורכו העשויות סחוס ועוזרות לשמור על דרכי הנשימה פתוחות כאשר הכלב נושם, מתנועע ומשתעל. טבעות הסחוס הן בצורת "C", והחלק הפתוח פונה כלפי מעלה. בכלבים מסויימים, הסחוס נחלש ומתחיל להשתטח. כאשר החלק העליון של הקנה נמתח, טבעות הסחוס הולכות ומשתטחות עד שקנה הנשימה מתמוטט. הוא עלול להתמוטט כל הדרך עד לצינורות שמזינים את הריאות והדבר עלול להוביל לפגיעה רצינית בבריאות הכלב. כלבים מגזעים קטנים נוטים לסבול מהמחלה, בדרך כלל בגיל בגרות וזקנה, למרות שהתופעה מופיעה גם בכלבים צעירים. כלבים שמנים וכאלו שחיים בבית עם מעשנים עלולים להיות בסכנה וכן להפגין תופעות קליניות בצורה בולטת יותר.

PRA הוא קיצור של progressive retinal atrophy שפירושו "ניוון הדרגתי של הרשתית". המחלה פוגעת בתאי הרשתית, שקולטים את האור שנכנס לעין ויוצרים את התמונה שרואים בה. התאים מתנוונים במשך הזמן ובסופו של דבר מובילים לעיוורון אצל הכלב שסובל מהתופעה. יש שתי צורות עיקריות של PRA בכלבים, האחת שניתן לאבחן בגורים בני 2-3 חודשים והאחרת שמתגלה בכלבים בוגרים, בין 3 ל-9 שנים. זוהי מחלה תורשתית שמופיעה בגזעים רבים. לא מדובר במצב מכאיב ולכן לעתים נדירות מאתרים אותו בשלבים הראשונים. הבעייה מתחילה עם עיוורון לילה, והכלב יכול להיות עצבני בלילה, לסרב להיכנס לחדרים חשוכים ולהתנגש בחפצים במקומות אפלים. חשוב לקחת בחשבון שעיוורון משפיע על כלבים הרבה פחות מאשר על בני אדם. כלבים נוטים להישען יותר על חושים אחרים, כגון שמיעה וריח, ולכן אם הבעייה מתפתחת בשלב מאוחר של החיים הכלב יכול לנהל אורח חיים רגיל כל עוד לא מזיזים את הרהיטים בבית ומוציאים אותו לטייל על רצועה. קיימת בדיקה גנטית ל-PRA, שמראה אם הכלב נשא של הגן. זה עדיין לא אומר שהוא חייב לפתח את המחלה אלא שיכולה להיות לו נטייה ללקות בה.

מחלת העור השחור – Black Skin Disease – נקראת גם Alopecia XJ בשמה המדעי. הגורמים למחלה עדיין אינם ברורים והטיפול נוטה להיות בניסוי וטעיה. בשלב הראשון המחלה מתבטאת בדילול הפרווה, לעתים מלווה בגירוד בעור, ולאחר מכן מופיעות קרחות ועור בצבע שחור או אפור כהה. בסופו של דבר הכלב עלול להיות קרח לחלוטין עם עור בצבע אפור-פחם עמוק. במקרים רבים המצב גם מלווה בריח רע. מדובר במחלה תורשתית, או ליתר דיוק הנטייה ללקות במחלה יכולה להיות תורשתית. כיוון שהכלב מסריח, הבעלים נוטים לרחוץ אותו בתדירות גבוהה מהרגיל, אבל זה דווקא מחמיר את המצב. טיפול בסטרואידים אינו מומלץ כיוון שהוא פוגע במערכת החיסונית של הכלב וגורם להחרפת המחלה, ויחד עם זה מאפשר לגורמי זיהום לפגוע בכלב.

זאת הסיבה שחשוב לקחת גור ממגדל אמין, שמבצע להורים בדיקות מתאימות ומנסה ככל האפשר למנוע את הבעיות הבריאותיות העלולות לפגוע בגזע.